Dự án VNEN là Dự án do Bộ Giáo dục và Đào tạo trực tiếp quản lý. Dự án do một Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo phụ trách Giáo dục Tiểu học chỉ đạo trực tiếp liên quan đến các hoạt động và công tác quản lý dự án. Giúp việc cho Bộ Giáo dục và Đào tạo là Ban Quản lí Dự án trung ương do Vụ trưởng Vụ Giáo dục Tiểu học làm Giám đốc Dự án.

Hỗ trợ cho Giám đốc dự án trong việc điều hành và quản lý Dự án có các thành viên của Ban Quản lí Dự án trung ương với vai trò, chức năng và nhiệm vụ là các điều phối viên của dự án (Kế toán trưởng, Điều phối viên đấu thầu, Điều phối viên nhân sự và hành chính, Điều phối viên tập huấn, Điều phối viên sư phạm, Điều phối viên đánh giá và truyền thông) cùng với các chuyên gia tư vấn và nhân viên Dự án.

Mỗi tỉnh tham gia sẽ thành lập Ban Chỉ đạo cấp tỉnh do Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo làm Trưởng ban. Giúp việc cho Ban Chỉ đạo cấp tỉnh là Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh. Dự án VNEN có sự tham gia của tất cả 63 tỉnh/thành trên cả nước. Các tỉnh này được chia làm 03 nhóm ưu tiên như sau:

Nhóm ưu tiên 1: Bao gồm 20 tỉnh khó khăn (Hà Giang, Cao Bằng, Lao Cai, Lạng Sơn, Hòa Bình, Điện Biên, Sơn La, Thanh Hóa, Nghệ An, Quảng Trị, Khánh Hòa, Quảng Nam, Kon Tum, Gia Lai, Đăk Lắc, Bình Phước, Ninh Thuận, Kiên Giang, Trà Vinh, Sóc Trăng) với 248 huyện, 1.143 trường tiểu học. Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh của các tỉnh thuộc Nhóm ưu tiên 1 bao gồm:

Lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo (Phụ trách Giáo dục Tiểu học) làm Trưởng Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh, Trưởng phòng Giáo dục Tiểu học làm Phó Trưởng Ban, lãnh đạo Phòng Giáo dục và Đào tạo các huyện có Dự án VNEN làm ủy viên, 01 Chuyên viên Phòng Giáo dục Tiểu học làm ủy viên và 01 Chuyên viên Phòng Kế hoạch-Tài chính Sở làm kế toán.

Mỗi tỉnh thuộc nhóm ưu tiên 1 sẽ được tập huấn về mô hình VNEN, mua sắm, đấu thầu, quản lý tài chính, cung cấp tài liệu và trang thiết bị tối thiểu cho Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh. Được Ban Quản lí Dự án trung ương cung cấp 02 hoặc 03 chuyên gia tư vấn VNEN cấp tỉnh phục vụ công tác giám sát và đánh giá việc thực hiện Quỹ tại các trường VNEN và 01 chuyên gia sư phạm cấp tỉnh hỗ trợ cho sinh hoạt cụm trường.

Góc sân trường thân thiện ở Tiểu học Ma Thì Hồ- Mường Chà

Mỗi trường VNEN thuộc Nhóm ưu tiên 1 sẽ được Dự án cung cấp tập huấn giáo viên, mua sắm, đấu thầu, quản lý tài chính, cung cấp các tài liệu tăng cường tiếng Việt (nếu cần), tài liệu hướng dẫn học tập lớp 2, 3,4,5, sổ tay cho giáo viên, cán bộ quản lý và cộng đồng, tài liệu tăng cường năng lực. Mỗi trường sẽ được cấp một khoản kinh phí US$4.000/năm/trường chính và US$1.000/năm/điểm trường trong khuôn khổ Quỹ I để tổ chức hoạt động cụm trường, thuê nhân viên hỗ trợ giáo viên, mua văn phòng phẩm, trang bị thêm bàn ghế, sửa chữa nhỏ. Ngoài ra, 500 điểm trường thuộc vùng xa xôi hẻo lánh và có học sinh dân tộc sẽ được một khoản kinh phí US$ 4.000/năm trong khuôn khổ Quỹ II để hỗ trợ thêm bữa ăn trưa học sinh và thuê nhân viên hỗ trợ giáo viên.

Nhóm ưu tiên 2: Bao gồm 21 tỉnh trung bình (Bắc Kạn, Tuyên Quang, Yên Bái, Thái Nguyên, Phú Thọ, Bắc Giang, Quảng Ninh, Lai Châu, Quảng Bình, Thừa Thiên-Huế, Quảng Ngãi, Bình Định, Phú Yên, Đăk Nông, Lâm Đồng, Bình Thuận, Đồng Nai, Cà Mau, Bạc Liêu, An Giang, Hậu Giang) với 202 huyện, 282 trường tiểu học (trung bình 1 trường/huyện, một số huyện có nhiều hơn 1 trường). Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh của các tỉnh thuộc Nhóm ưu tiên 2 bao gồm:

Lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo phụ trách Phòng Giáo dục Tiểu học làm Trưởng Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh, Trưởng phòng Giáo dục Tiểu học tạo làm Phó Trưởng Ban, đại diện Lãnh đạo Phòng Giáo dục và Đào tạo các huyện có Dự án VNEN làm ủy viên, 01 Chuyên viên Phòng Giáo dục Tiểu học làm ủy viên và 01 Chuyên viên Phòng Kế hoạch - Tài chính Sở làm kế toán.

Mỗi tỉnh thuộc nhóm ưu tiên 2 sẽ được tập huấn về mô hình VNEN, mua sắm, đấu thầu, quản lý tài chính, cung cấp tài liệu và trang thiết bị tối thiểu cho Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh. Mỗi tỉnh sẽ được Ban Quản lí Dự án trung ương cung cấp 01 chuyên gia VNEN cấp tỉnh phục vụ công tác giám sát và đánh giá việc thực hiện Quỹ tại các trường VNEN.

Mỗi trường VNEN thuộc Nhóm ưu tiên 2 sẽ được Dự án cung cấp tập huấn giáo viên, mua sắm/đấu thầu, quản lý tài chính, cung cấp các tài liệu tăng cường tiếng Việt (nếu cần), tài liệu hướng dẫn học tập lớp 2, 3, 4,5, sổ tay cho giáo viên, cán bộ quản lý và cộng đồng, tài liệu tăng cường năng lực. Thêm nữa, mỗi trường sẽ được cấp một khoản kinh phí US$4.000/năm/trường chính và US$1.000/năm/điểm trường trong khuôn khổ Quỹ I để tổ chức hoạt động cụm trường, thuê nhân viên hỗ trợ giáo viên, mua văn phòng phẩm, trang bị thêm bàn ghế, sửa chữa nhỏ, v.v.

Nhóm ưu tiên 3: Bao gồm 22 tỉnh thuận lợi (Hà Nội, Hải Phòng, Đà Nẵng, TP Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Vĩnh Phúc, Bắc Ninh, Hải Dương, Hưng Yên, Hà Nam, Nam Định, Thái Bình, Ninh Bình, Hà Tĩnh, Tây Ninh, Bình Dương, Bà Rịa-Vũng Tầu, Long An, Đồng Tháp, Bến Tre, Vĩnh Long, Tiền Giang) với 22 trường tiểu học (1 trường/tỉnh). BQL VNEN cấp tỉnh của các tỉnh Nhóm ưu tiên 3 gồm:
 

Trao quà cho trẻ tại Tiểu học Chung Chải – Mường Nhé

Lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo phụ trách Phòng Giáo dục Tiểu học làm Trưởng Ban Quản lí Dự án cấp tỉnh, Trưởng phòng Giáo dục Tiểu học làm Phó Trưởng Ban, Hiệu trưởng trường tiểu học có triển khai Dự án VNEN làm ủy viên và Kế toán trường tiểu học có triển khai Dự án VNEN.

Mỗi tỉnh thuộc nhóm ưu tiên 3 sẽ được tập huấn về mô hình VNEN, mua sắm, đấu thầu, quản lý tài chính, cung cấp tài liệu. Mỗi trường VNEN thuộc Nhóm ưu tiên 3 sẽ được Dự án cung cấp tập huấn giáo viên, mua sắm, đấu thầu, quản lý tài chính, tài liệu hướng dẫn học tập lớp 2, 3, 4,5, sổ tay cho giáo viên, cán bộ quản lý và cộng đồng, tài liệu tăng cường năng lực. Thêm nữa, mỗi trường sẽ được cấp một khoản kinh phí US$4.000/năm/trường chính và US$1.000/năm/điểm trường trong khuôn khổ Quỹ I để có thể tổ chức hoạt động cụm trường, thuê nhân viên hỗ trợ giáo viên, mua văn phòng phẩm, trang bị thêm bàn ghế, sửa chữa nhỏ.

Dưới đây là sơ đồ cơ cấu về tổ chức, quản lý thực hiện Dự án.