Bộ Giáo dục và Đào tạo thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Nghị định số 123/2016/NĐ-CP ngày 1/9/2016 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của bộ, cơ quan ngang bộ, Nghị định số 101/2020/NĐ-CP ngày 28/8/2020 của Chính phủ sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 123/2016/NĐ-CP và những nhiệm vụ, quyền hạn khác.
Cơ cấu tổ chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo có 20 tổ chức thuộc Bộ giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm: Vụ Giáo dục Mầm non; Vụ Giáo dục Tiểu học; Vụ Giáo dục Trung học; Vụ Giáo dục Đại học; Vụ Giáo dục thể chất; Vụ Giáo dục dân tộc; Vụ Giáo dục thường xuyên; Vụ Giáo dục Quốc phòng và An ninh; Vụ Giáo dục Chính trị và Công tác học sinh, sinh viên; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch - Tài chính; Vụ Cơ sở vật chất; Vụ Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Vụ Pháp chế; Văn phòng; Thanh tra; Cục Quản lý chất lượng; Cục Nhà giáo và Cán bộ quản lý giáo dục; Cục Công nghệ thông tin; Cục Hợp tác quốc tế.
Ngoài ra, Bộ Giáo dục và Đào tạo còn có 3 đơn vị sự nghiệp công lập, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ gồm: Viện Khoa học Giáo dục Việt Nam; Báo Giáo dục và Thời đại; Tạp chí Giáo dục.
Như vậy, theo quy định mới, cơ cấu tổ chức của Bộ Giáo dục và Đào tạo không còn các cơ quan, đơn vị sau: Vụ Thi đua - Khen thưởng; Học viện Quản lý giáo dục và trường Cán bộ quản lý giáo dục Thành phố Hồ Chí Minh.
Bên cạnh đó, Bộ Giáo dục trình Chính phủ ban hành hệ thống văn bằng giáo dục đại học và quy định văn bằng trình độ tương đương của một số ngành đào tạo chuyên sâu đặc thù trong phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ. Mặt khác, Bộ quy định việc thi, kiểm tra, tuyển sinh, đào tạo, liên kết đào tạo và quản lý văn bằng, chứng chỉ trong hệ thống giáo dục quốc dân thuộc phạm vi quản lý Nhà nước của Bộ.
Nghị định có hiệu lực từ ngày 01/11/2022.