1. Về nhiệm vụ: trường PTDTNT có thêm nhiệm vụ giáo dục kỹ năng sống và kỹ năng hoạt động xã hội phù hợp với học sinh PTDTNT và yêu cầu tổ chức công tác nội trú cho học sinh, bảo đảm 100% học sinh của nhà trường được ăn, ở nội trú.

2. Về biển trường: Nếu Quyết định số 49/2008/QĐ-BGDĐT không quy định biển trường thì Thông tư quy định rõ biển tên trường ghi những nội dung sau:
a) Góc phía trên, bên trái:
- Đối với trường PTDTNT cấp huyện đào tạo cấp THCS:
+ Dòng thứ nhất: Ủy ban nhân dân huyện (quận, thị xã, thành phố) trực thuộc tỉnh và tên huyện (quận, thị xã, thành phố) thuộc tỉnh;
+ Dòng thứ hai: Phòng giáo dục và đào tạo.
- Đối với trường PTDTNT cấp tỉnh và trường PTDTNT cấp huyện (có cấp THPT):
+ Dòng thứ nhất: Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố và tên tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương;
+ Dòng thứ hai: Sở giáo dục và đào tạo.
b) Ở giữa ghi tên trường theo quy định tại Thông tư.
c) Dưới cùng là địa chỉ, số điện thoại của nhà trường.

3. Về Cơ sở vật chất và thiết bị của trường PTDTNT: Quy định rõ Khu nội trú có diện tích sử dụng tối thiểu 6m²/học sinh và yêu cầu về thiết bị dạy nghề truyền thống của các dân tộc phù hợp với địa phương.

4. Về phân cấp quản lý: Thông tư điều chỉnh quy định tại Thông tư số 06/2009/TT-BGDĐT, theo đó, Phòng giáo dục và đào tạo giúp Ủy ban nhân dân cấp huyện quản lí các trường PTDTNT cấp huyện đào tạo cấp THCS.

5. Về phương thức tuyển sinh, kế hoạch tuyển sinh, tuyển thẳng và chế độ ưu tiên, khuyến khích: Nếu Quyết định 49/2008/QĐ-BGDĐT không quy định hình thức tuyển sinh thì Thông tư quy định rõ:
a) Tuyển sinh cấp THCS theo phương thức xét tuyển.
b) Tuyển sinh cấp THPT theo một trong ba phương thức sau: xét tuyển, thi tuyển, kết hợp thi tuyển với xét tuyển.
Đồng thời Thông tư mới cũng quy định tuyển thẳng vào trường PTDTNT các đối tượng là  học sinh dân tộc thiểu số rất ít người; Học sinh người dân tộc thiểu số thuộc đối tượng quy định đạt giải cấp quốc gia trở lên về văn hóa; văn nghệ; thể dục thể thao; cuộc thi khoa học kĩ thuật dành cho học sinh trung học.

6. Về chế độ ưu tiên, khuyến khích: Ủy ban nhân dân cấp tỉnh quy định đối tượng và điểm cộng thêm cho từng loại đối tượng được hưởng chế độ ưu tiên, khuyến khích.

 7. Về nhiệm vụ và quyền hạn của giáo viên: Thông tư bãi bỏ quy định cán bộ giáo viên trường PTDTNT phải biết sử dụng ít nhất một thứ tiếng dân tộc thiểu số ở địa phương để giao tiếp với cộng đồng, tích cực tìm hiểu tình hình kinh tế - xã hội ở vùng dân tộc thiểu số nơi đang công tác.
Thông tư   có hiệu lực thi hành từ 02/3/2016.